Los conquistadores cometieron uno de los mas grandes en los genocidios de la historia millones de indígenas fueron exterminadas por medios de armas o por las distintas enfermedades provocada por el virus de la Tifus o de la Viruela, otros murieron en las minas, en la brutal explotación a la que fueron sometidos en algunas regiones de la población indígena fue totalmente exterminada
Los indígenas se resistieron a dejarse conquistar y presentaron combate por muchos años, a pesar de que fueron torturados, pero esto no aniquiló su espíritu de batalla. Algunas de las causas son:
Exceso de trabajo y la falta del descanso que permitía la ley
Los abusos clericales
Los excesivos impuestos que debían pagar
La retención de sus salarios
Maltratos físicos
Altos costos de alimentos y vestuarios dentro de las haciendas
El cobro injusto de os animales u objetos robados o perdidos
La obligación impuesta a mujeres y niños indígenas de realizar trabajos en la casa del patrón
Los españoles arrebataban a la fuerza a los indígenas su Pachamama sus animales, sus cultivos,sus niños, sus mujeres, su cultura lo que provoco su rebeldía
Se originaron los levantamientos y conflictos
Las últimas décadas del siglo XX los movimientos indígenas cobraron fuerzas y la voz de disconformidad del sistema social se ha escuchado especialmente por la valoración dela educación de nuestros indígenas ecuatorianos
Luego del asesinato de Atahualpa, Rumiñahui y sus generales opusieron resistencias a las huestes extranjeras.
En mayo de 1765 se produjo una verdadera conmoción en la capital de la Real Audiencia porque se aplicó la Cédula Real que ordenaba el estanco del aguardiente y la prohibición absoluta de la destilación particular. Ante los nuevos impuestos a los víveres, los abusos cometidos por los recaudadores de impuestos, y el profundo odio que sentían contra los Chapetones, se produjo un levantamiento popular que se inició el 22 de mayo de 1765, cuando aparecieron pegados cartelones que anunciaban una airada manifestación en contra de las autoridades españolas, para reclamar por el monopolio estatal que se intentaban implementar a la producción de aguardiente, y a la aduana con la que se pretendía cobrar nuevos impuestos con que habían sido gravados los víveres.